Secara administratif Desa Apuan terdiri dari 4 Dusun yang masing-masing dikepalai oleh seorang Kepala Dusun sebagaimana tersebut dibawah ini:
- Dusun Apuan
- Dusun Tinungan
- Dusun Jelantik
- Dusun Kambangan
Dari aspek keagamaan dan lembaga adat, Desa Apuan terdiri dari empat Banjar Pakraman sebagai berikut :
- Banjar Pakraman Apuan
- Banjar Pakraman Tinungan
- Banjar Pakraman Jelantik
- Banjar Pakraman Kambangan